Pada September 1997, Zhu dipilih semula sebagai anggota Biro Politik Jawatankuasa Pusat PKC dan Jawatankuasa Tetapnya. Pada Mac 1998, beliau dilantik sebagai Perdana Menteri Majlis Negara.
Berdepan krisis kewangan Asia dan bencana banjir besar di China, beliau melaksanakan dasar fiskal proaktif dan dasar monetari berhemat, memperluas permintaan domestik serta memperdalam pembaharuan dalam bidang utama, sekali gus mengekalkan pertumbuhan ekonomi yang stabil dan pesat.
Zhu turut memperkenalkan sistem jaminan sara hidup asas bagi pekerja syarikat milik negara yang diberhentikan, sistem insurans pengangguran dan sistem jaminan sara hidup minimum bagi penduduk bandar. Beliau juga berusaha menangani isu tunggakan gaji dan penempatan semula pekerja yang kehilangan pekerjaan.
Sepanjang tempoh perkhidmatannya sebagai Timbalan Perdana Menteri dan Perdana Menteri, China berada dalam fasa penting peralihan daripada ekonomi terancang kepada ekonomi pasaran sosialis.
Beliau juga mempromosikan pembentukan kerangka asas ekonomi pasaran sosialis, menyelia penyempurnaan rundingan kemasukan China ke Pertubuhan Perdagangan Dunia (WTO) dan memperluaskan dasar keterbukaan negara dari segi skop serta kedalamannya.
Menurut obituari itu, Zhu menekankan keperluan memikul tanggungjawab dengan penuh komitmen, berani menghadapi cabaran dan berusaha bersungguh-sungguh demi menghasilkan manfaat kepada rakyat.
Pada Mac 2003, beliau menamatkan perkhidmatannya sebagai Perdana Menteri Majlis Negara.
Selepas bersara daripada jawatan kepimpinan, Zhu terus menyokong Jawatankuasa Pusat PKC yang dipimpin Hu Jintao sebagai Setiausaha Agung, sebelum menyokong Jawatankuasa Pusat PKC di bawah kepimpinan Xi Jinping. Beliau terus mengambil berat terhadap pembangunan sosialisme bercirikan China serta menyokong usaha memperkukuh integriti dan memerangi rasuah.
Obituari itu menyifatkan kehidupan Zhu sebagai satu kehidupan yang penuh perjuangan, pengorbanan dan kegemilangan, sambil menyatakan pemergiannya merupakan kehilangan besar kepada parti dan negara.
— -XINHUA